امیر باقری به سمت معاون بانک، بیمه و شرکت‌های دولتی وزارت اقتصاد منصوب شد. پیش‌ازاین و از زمان روی کار آمدن دولت دوازدهم و انتخاب کرباسیان به‌عنوان وزیر اقتصاد ندیمی بوشهری به‌عنوان معاون بانک و بیمه این وزارتخانه فعالیت می‌کرد.
امیر باقری پیش‌ازاین به‌عنوان رئیس دفتر اقتصاد کلان سازمان برنامه‌وبودجه کشور فعالیت می‌کرده است.
